劳动合同拖了近九个月才补签，又因请假扣除规定外的工资

我于2015年7月进入目前的公司工作，经过多次催促，公司一直以各种理由拒绝签订劳动合同，一直到2016年4月底才完成补签。在补签的过程中，公司取消了原口头承诺的各项补贴并拒绝写入合同内容中，工作时间由原来的7小时变成了8小时。我于2016年5月底提交辞职申请。6月1日发薪日，公司因我请假两天按规定扣除我的工资外，以“请假会造成其他同事的加班，同事的加班费应该我出”为由，又扣除了工资数百元。这是否合理？如果申请劳动仲裁，我可以拿到哪些补偿？